Ao Centro de Intervenção e Planeamento para Situações de Exceção (CIPSE) compete o planeamento e coordenação estratégica de operações de emergência médica em cenários de exceção.
Este serviço do INEM é ainda responsável pelo planeamento e coordenação de eventos de alto risco que contem com a participação do Instituto bem como por planear e coordenar as equipas do INEM destacadas em missões internacionais.
É ainda competência do CIPSE proceder à elaboração de planos de emergência no âmbito da realização de exercícios vários em que o INEM participa, com vista a garantir a prontidão e a eficácia das equipas de emergência.